У 5-7% женщины, которые применяют гормональные контрацептивы возникает выраженная депрессия, которая проявляется угнетением, тревожностью и снижением полового влечения. Ощущение, что она становится "сексуальным объектом", тошнота после приема "таблетки", недовольство своей внешностью результате увеличения массы тела и ухудшение состояния кожи, а также плохое самочувствие (в частности, головная боль) приводят к тому, что женщина становится неспособной адекватно реагировать на различные ситуации в семье. Все это может привести к невыносимой психологической атмосферы в семье и закончиться разводом. Гормональная контрацепция приводит к отеку роговицы глаз с невозможностью ношения контактных линз. Снижение иммунитета под влиянием синтетических стероидных гормонов вызывает учащение вирусных инфекций дыхательных путей, бронхитов и воспаления околоносовых пазух. В литературе появляются сообщения о все новых заболеваниях, связанных с приемом гормональных контрацептивов. Как пример, можно вспомнить синдром боли в пояснице и гематурии, который проявляется одно-или двусторонней болью в пояснице и появлением крови в моче.

Гинекологические заболевания. Гормональные контрацептивы приводят к изменению внутренней среды влагалища с такими последствиями, как кольпит и бактериальный вагиноз. Эти заболевания проявляются болезненными ощущениями в области половых органов и выделениями, иногда с неприятным запахом. Частым заболеванием является кандидоз влагалища ("молочница"), которая в этих случаях имеет хроническое течение и плохо поддается лечению. Применение гормональных контрацептивов сопровождается высокой частотой болезней, передающихся половым путем, в частности, хламидиоза и спида. Как правило, оральные контрацептивы назначают для "регуляции менструальной функции" при нестабильной длительности цикла или при наличии овуляторных кровотечений, однако преимущественно улучшения после прекращения такого лечения не бывает, поскольку эти препараты не влияют на причину расстройств, а лишь маскируют их проявления. Контрацептивы, которые состоят лишь из прогестагенов вызывают нерегулярные кровотечения и кровянистые выделения из половых путей, через что существенная доля женщин отказывается от них уже в первые месяцы пользования.
Опухоли печени. Частота доброкачественных и злокачественных опухолей печени у молодых женщин (в возрасте 15-40 лет) с распространением гормональных контрацептивов существенно возросла. До широкого применения синтетических половых гормонов такие опухоли встречались, как обычно, в старшем возрасте.